赤坂駅でハラスメントに強い弁護士一覧

大変な状況ですね。ご体調はいかがでしょうか。
ご質問の点ですが、ご記載の事情を前提とすれば、経緯を素直に記載をするのが一番よいと思います。
要旨、
・データを持ち帰ったことは事実である。
・持ち帰った理由は、休職するにあたり、休職時に終わっていなかった仕事を終わらせるためであった。
・就業規則の内容を確認していなかったため、それが就業規則に違反するという認識はなかった。急なことで、仕事を終わらせなければならないということばかりを考えていた。ご迷惑をおかけし申し訳ない。
という内容を丁寧な表現で記載してはいかがでしょうか。
この書類は、提出前に、ご自身でもコピーをとって保管しておきましょう。
この書類でも、今後の対応でも、重要なのは、（会社側から圧力をかけられたとしても）事実に反することを事実だと認めることはしない、ということです。

そのような状況であれば、退職代行を利用して、心理的負荷がかからない状況にするのが一番大切です。
期間の定めのない労働契約であれば、退職の意思表示をしてから2週間で退職が可能です。
その間に残っている有給を消化し、それでも足りないのであれば、医師の診断書を取得して、欠勤した方がいいと思います。

大変な状況ですね。
年次有給休暇の日数は法律上決められており、また、時効は付与日から２年です。
仮に、雇用主がこれに反した扱いをすると言っていても、そのような扱いは労働基準法に違反し、無効です。
年次有給休暇の取得、退職は労働者の一方的な意思表示ですることが可能です。
したがって、年次有給休暇の残日数を確認して、それを前提に退職日を決め、雇用主に対し、「〇月〇日をもって退職します。それまでの間は年次有給休暇を取得します。」と伝えれば、年次有給休暇を全て消化して退職することが可能です。これは書面やメール等、証拠に残るもので伝えたほうがよいでしょう。

退職理由を会社都合にしたいという点は、おそらく、失業保険の受給との関係でのご希望かと思います。
対応としては、雇用主に対して、「先生の言動が原因で辞めるのだから、離職票の離職理由は会社都合にしてほしい」と交渉をするということが考えられます。
雇用主が交渉に応じず、自己都合退職で離職票を発行した場合でも、ハローワークに異議申立てをすることは可能です。ただし、ここでは、ご自身が「特定受給資格者」や「特定理由離職者」に該当することを、証拠に基づいて説明することが必要になります。退職前に、勤務先を管轄するハローワークに一度ご相談に行かれておくとよいかと思います。

相手方が認めているセクハラだけでPTSDが発症すると法的に評価できるかをまず検討した方がいいと思います。
また、労災申請もした方がいいです。PTSDについては後遺障害の問題も生じますので後遺障害が認定される可能性があるかも慎重に検討すべきです。

セクハラの損害賠償はいろいろと複雑なので一度弁護士にご相談されるとよいと思います。

【結論】
管理者のやり方には法的に問題があります。
【理由】
　職員の方が、法的な責任を負うには、器物を壊したか、壊したことに関わったことが必要です。関わっているかが不明である人に責任を負わせることはできません。
　また、関わっていたとしても、雇い主は、労働者に働いてもらって利益を上げているので、労働者が過失で損害を生じさせても、全額を労働者に請求できないことが一般的です。過失の重さにもよりますが、全く請求できない場合も多く、請求できても２，３割という事案も多いと思います。

退職することを明確に拒否しているにもかかわらず執拗に退職勧奨があれば、違法な退職勧奨に該当する可能性が高いと思います。

出勤停止の懲戒処分であれば、懲戒事由が明示されていると思います。出勤停止４０日が重すぎるかどうかは、懲戒事由がどのようなものか、また、それが立証できるものなのかによって変わってくると思います。
ただ、一般論でいいますと、注意が行き過ぎた（相当性を欠いた）ことでパワハラになる場合はありますが、暴力などを使っていなければ、懲戒解雇が有効となる可能性は低いかなと思われます。