中洲川端駅でハラスメントに強いオンライン面談可能な弁護士一覧

セクハラ・パワハラがどの程度の内容なのかわかりませんが、裁判基準からすると３０００万円の損害賠償が命じられるセクハラ・パワハラはそうそうないと思われます。そのため、弁護士に相談されて、裁判基準上妥当な金額を算出してもらい、出資との差額が戻ってくるように交渉した方がいいと思います。その他、おそらく何らかの法的問題があるかもしれません。弁護士に相談していた方がいいと思います。

大変な状況ですね。
年次有給休暇の日数は法律上決められており、また、時効は付与日から２年です。
仮に、雇用主がこれに反した扱いをすると言っていても、そのような扱いは労働基準法に違反し、無効です。
年次有給休暇の取得、退職は労働者の一方的な意思表示ですることが可能です。
したがって、年次有給休暇の残日数を確認して、それを前提に退職日を決め、雇用主に対し、「〇月〇日をもって退職します。それまでの間は年次有給休暇を取得します。」と伝えれば、年次有給休暇を全て消化して退職することが可能です。これは書面やメール等、証拠に残るもので伝えたほうがよいでしょう。

退職理由を会社都合にしたいという点は、おそらく、失業保険の受給との関係でのご希望かと思います。
対応としては、雇用主に対して、「先生の言動が原因で辞めるのだから、離職票の離職理由は会社都合にしてほしい」と交渉をするということが考えられます。
雇用主が交渉に応じず、自己都合退職で離職票を発行した場合でも、ハローワークに異議申立てをすることは可能です。ただし、ここでは、ご自身が「特定受給資格者」や「特定理由離職者」に該当することを、証拠に基づいて説明することが必要になります。退職前に、勤務先を管轄するハローワークに一度ご相談に行かれておくとよいかと思います。

大変な状況ですね。ご体調はいかがでしょうか。
ご質問の点ですが、ご記載の事情を前提とすれば、経緯を素直に記載をするのが一番よいと思います。
要旨、
・データを持ち帰ったことは事実である。
・持ち帰った理由は、休職するにあたり、休職時に終わっていなかった仕事を終わらせるためであった。
・就業規則の内容を確認していなかったため、それが就業規則に違反するという認識はなかった。急なことで、仕事を終わらせなければならないということばかりを考えていた。ご迷惑をおかけし申し訳ない。
という内容を丁寧な表現で記載してはいかがでしょうか。
この書類は、提出前に、ご自身でもコピーをとって保管しておきましょう。
この書類でも、今後の対応でも、重要なのは、（会社側から圧力をかけられたとしても）事実に反することを事実だと認めることはしない、ということです。

出勤停止の懲戒処分であれば、懲戒事由が明示されていると思います。出勤停止４０日が重すぎるかどうかは、懲戒事由がどのようなものか、また、それが立証できるものなのかによって変わってくると思います。
ただ、一般論でいいますと、注意が行き過ぎた（相当性を欠いた）ことでパワハラになる場合はありますが、暴力などを使っていなければ、懲戒解雇が有効となる可能性は低いかなと思われます。

暴力もあるということになると、弁護士による退職代行を利用して退職された方が良いと思います。
暴力は怒られるようなことをしたからといってしていいものでは当然ありません。

ご相談者の働き方ですと、未払い残業代が発生している可能性が結構ありそうです。

また、退職の際も、月４５時間を超える時間外労働があると思いますので、失業手当も特定受給資格者（給付日数が増える）として受け取れる可能性があります。

いずれにせよ、弁護士にご相談された方がよいように思います。

基本的に年次有給休暇はこちらが時季を指定すれば効力が発生します。「3月の最後の1週間くらいしかあげられない」ということはないです。こちらが指定した時季を使用者側で変更できる場合がないではないのですが、業務の正常な運営が困難となる事情がなければならず、人員が多いと思われる東京にある大学病院であれば、かなり例外的な事情がない限り時季変更が有効になることはないと考えられます。
ある程度前に、有休を全て取得します、ということを告げておけば、法的に問題のあるレベルで病院にも迷惑がかかるということはないと思いますのでそうすれば大丈夫です。

もし、働けない状況にあるのであれば、まずは、労災申請をされた方がいいと思います。
損害賠償請求をするには一定の証拠が必要です。その前段階として労災認定を求めた方がいいとおもいます。