大濠公園駅で労働問題に強い弁護士一覧

大変な状況ですね。ご体調はいかがでしょうか。
ご質問の点ですが、ご記載の事情を前提とすれば、経緯を素直に記載をするのが一番よいと思います。
要旨、
・データを持ち帰ったことは事実である。
・持ち帰った理由は、休職するにあたり、休職時に終わっていなかった仕事を終わらせるためであった。
・就業規則の内容を確認していなかったため、それが就業規則に違反するという認識はなかった。急なことで、仕事を終わらせなければならないということばかりを考えていた。ご迷惑をおかけし申し訳ない。
という内容を丁寧な表現で記載してはいかがでしょうか。
この書類は、提出前に、ご自身でもコピーをとって保管しておきましょう。
この書類でも、今後の対応でも、重要なのは、（会社側から圧力をかけられたとしても）事実に反することを事実だと認めることはしない、ということです。

ご相談のような対応は正当ではないと考えます。
ご相談の内容を見ますと次の点が気になります。
１　脳梗塞自体が労働災害である可能性はないでしょうか？例えば、月８０時間程度の残業を恒常的やっている場合などは労働災害になる可能性があります。労働災害になれば解雇は原則としてできません。
２　元の部署に戻れなくても、（原則として、労働契約の内容において配置転換可能な）違う部署での勤務が可能であるときにおいて、『労働者がその違う部署での勤務を申し出ている場合』には、その違う部署での勤務可能性を使用者は検討しなければなりません。それをしないまま解雇すれば解雇は無効になります。重要なのは労働者がその勤務でも良いと「申し出る」ことです。これをしていなければ、原則として、元の部署で働くことが難しい場合には解雇が有効になります。
３　一度退職をしてしまうと今の労働者としての権利を失うことになります。それはしない方がいいです。今の権利をしっかり確認していただき、行使できる権利はしっかり行使された方がよいと思います。

もし、働けない状況にあるのであれば、まずは、労災申請をされた方がいいと思います。
損害賠償請求をするには一定の証拠が必要です。その前段階として労災認定を求めた方がいいとおもいます。

一般論として、運送会社で長時間労働が行われている場合、未払いの残業代が発生している可能性が高いです。
実際に未払いの残業代が発生しているか否かを判断するには、会社でどのような給与体系が導入されていたのか、労働時間がどれだけあったか等を検討する必要があります。
雇用契約書や給与明細等の給与・労働時間に関する資料を可能な範囲で用意し、お早めに弁護士にご相談されることをおすすめします。

ご相談ありがとうございます。大変な状況ですね。
前提として、法的なお話をしますと、会社に安全配慮義務違反があるかというのと、労災に該当するかというのは別の問題です。
簡単にご説明すると、法的に会社の対応に問題があったかを検討するのが安全配慮義務違反があるかどうかの問題です。
労災は、業務が原因で精神疾患を発症（悪化）したといえるかを検討するものです。

前者については、復職プログラムの内容がどのようなものであったか、任された仕事の内容などをふまえて、会社の対応に問題があったかを検討することになります。
後者については、厚生労働省が定めている労災認定の基準に従って判断されることになります（ウェブ上でせご相談ありがとうございます。大変な状況ですね。
前提として、法的なお話をしますと、会社に安全配慮義務違反があるかというのと、労災に該当するかというのは別の問題です。
簡単にご説明すると、法的に会社の対応に問題があったかを検討するのが安全配慮義務違反があるかどうかの問題です。
労災は、業務が原因で精神疾患を発症（悪化）したといえるかを検討するものです。

前者については、復職プログラムの内容がどのようなものであったか、任された仕事の内容などをふまえて、会社の対応に問題があったかを検討することになります。
後者については、厚生労働省が定めている労災認定の基準に従って判断されることになります（ウェブ上で「精神障害　労災認定」などと検索をすると出てくると思います。）

いずれも専門的な判断が必要な内容になりますし、具体的にどのような経緯だったのか、また、それを裏付ける証拠がどこまで存在するかといった点の検討も必要になりますので、一度、お近くの労働問題に詳しい弁護士にご相談に行かれることをおすすめします。

就業規則を詳しく見てみないとわかりませんが、ご指摘の点の手続きに沿わずに退職したからといって退職金不支給になることは基本的にはないと思います。退職金の支給要件にはなっていないと思われるからです。一度、詳しく弁護士にご相談された方がよいように思います。

ご相談内容記載の事情ですと、変形労働時間制が有効にならない可能性が高そうに思います。
対象者各人について残業代を計算するのは大変ですが、それをやれば、使用者に請求は可能だと思います。
一度、詳しい事情をお近くの弁護士にご相談された方が良いと思います。