埼玉中央法律事務所の弁護士の小内と申します。以下のとおり回答いたします。

１　うつ病の損害賠償について
　一般的に、うつ病発症時期の直前３か月間に毎月１００時間以上の時間外労働を行っていた場合は、長時間労働が原因で病気を発症したと認めてもらうことができます。
　相談者様の場合、月の残業時間が１００時間を優に超えていますので、その労働時間が立証できれば、長時間労働が原因での発症と認められる可能性が高いです。タイムカードがあれば労働時間の立証は容易ですが、ない場合であっても、入退館記録、交通系ＩＣカードの記録、メモなどの長時間労働の痕跡をできるかぎり集めて立証することができる可能性もありますので、決して諦めないでください。

　手順としては、まず労働基準監督署に労災申請を行います。労災が認められれば、治療費や休業損害の一部などが国の保険から支払われます。
　そして、労災で補償されない休業損害などの一部や慰謝料は、労働基準監督署の調査結果も活用しつつ、会社に対して損害賠償請求をすることになります。
　長時間労働の結果病気を発症したという労災認定が出ていれば、高い確率で会社に対する損害賠償請求も認められます。
　労災からの補償と損害賠償の合計額は、後遺障害が残らない場合でも数百万、後遺障害が残れば１０００万円を超えますので、泣き寝入りはしないほうがよいかと思います。

２　残業代請求について
　飲食店の店長のお立場のようですので、会社から、相談者様が残業代を支払わなくてよい「管理監督者」であるという主張がされる可能性があります。
　「管理監督者」といえるためには、①経営者と一体的な立場にあるような重要な職務内容、責任と権限を有していること、②労働時間について自らの裁量で自由に決定できること、③残業代が支払われないことに見合うだけの十分な待遇がなされていることが必要です。
「管理監督者」の主張は容易には認められませんので、会社がそのような主張をしてきた場合でも、これまでの裁判例を踏まえて説得的な反論をしていくことが重要になります。当職もコンビニや飲食店の店長の事案で、会社側の管理監督者の主張を排斥した経験が複数あります。

　管理監督者の問題を乗り越えることができ、労働時間を立証できれば、５万円の残業代では到底足りないはずですので、差額の請求をすることができます。
　給与額にもよりますが、１００時間を超えるような時間外労働を２年間行っていたとなると、場合によっては１０００万円に近い請求額になる可能性があります。

３　会社都合退職について
　会社都合退職は正確には「特定受給資格者」と呼ばれるものですが、「離職の直前6か月間のうちに3月連続して45時間、1月で100時間又は2～6月平均で月80時間を超える時間外労働が行われたため…離職した者」に該当すると思われますので、会社都合退職になります。

上述のとおり、過労うつによる損害賠償請求は主張・立証や手続が複雑ですので、同種の事件を豊富に経験している弁護士にお早めに相談されるのが望ましいです。
当職は日本労働弁護団、過労死弁護団に所属し、過労死・過労うつ事件を多く経験していますので、お役に立てることがありましたらご連絡ください。

大変な状況ですね。ご体調はいかがでしょうか。
ご記載の働き方ですと、労災申請、会社への損害賠償請求、未払残業代請求は認められる可能性があります。労災申請と損害賠償請求については、うつ病の発病直前の連続した２か月間に、１月当たりおおむね１２０時間以上の時間外労働を行ったかどうか、発病直前の連続した３か月間に、１月当たりおおむね１００時間以上の時間外労働を行ったかどうか等が基準となります。
また、長時間労働を理由とする離職は、「離職の直前 6 か月間のうちに 3 月連続して 45 時間、1 月で 100 時間又は 2～6 月平均で月 80 時間を超える時間外労働が行われたため」離職した場合に該当すれば、特定受給資格者として失業保険も通常より有利に受給できます。
一番問題となるのは、ご記載の労働時間を立証できるかどうかだと思います。
まだ退職はしていないとのことですので、弁護士にも相談のうえ、有用な証拠集めをしたうえで退職し、手続きをすすめていくことをおすすめします。

実際に運行をされていたということであれば、タコグラフにその運行状況が反映されているはずです。
労基署にタコグラフを確認すれば私が話していることは正しいことが分かるはずだ、とお伝えになってはいかがでしょうか？

弁護士への相談でお悩みなのであれば、日本弁護士連合会がやっている法律相談センターに繋がる「ひまわりお悩み１１０番」に電話してみるのがよいかと思います。

ひまわりお悩み１１０番：０５７０－７８３－１１０

また、資力が乏しい方への制度として、日本司法支援センター（法テラス）があります。法テラスでは、資力要件を充たせば、無料で弁護士の法律相談が受けられます。

法テラス：０５７０－０７８－３７４

弁護士の費用はそれぞれ違いますので、それぞれの弁護士にご確認いただいた方が良いと思います。弁護士の名前で検索するとその弁護士に関するウェブページに費用が記載されていることが多いと思います。

支払ってもらうためには、①残業時間を立証できる証拠があるか、②支払われていた賃金はいくらか、の２点を調査する必要があります。②は給与明細からわかります。給与明細がなければ会社に賃金台帳を開示してもらうのが一般的です。②についてはタイムカードがあれば、立証しやすいです。なくても、入退館記録や業務上作成する日報などの時間から労働時間を推認していくことをやります。

残業代の金額が１００万円とのことですが、依頼者が計算された金額と弁護士で計算した金額に違いが生じることが、経験的に少なくないです。
一度、弁護士に相談された方がいいと思います。時効の関係がありますので３月中には、会社に請求書を送った方がいいです。

「営業手当　30,000円
営業手当の中には、時間外労働手当相当額を含むと書かれており、具体的に何時間がみなし残業となるか明確にされていません。」
とのことですが、一般論としては就業規則・賃金規定、雇用契約書・労働条件通知書などがある場合はそれを詳細に調査しないと、正確な回答はできませんが、限られた情報の中ですがご回答させていただきます。
例えば、「営業手当の中には、時間外労働手当相当額を含む」というのが、就業規則や賃金規定、雇用契約書・労働条件通知書などをみた場合に、例えば、営業手当３万円のうち、〇〇円が時間外労働手当相当額で、その内訳が１時間〇〇円で計算しているなど、営業手当と時間外労働時間手当の額とがそれぞれの金額が明確になっているのであれば適法な可能性があります。
他方で、時間外労働手当相当額が何時間分なのか、どのように算出されているかなどが、就業規則や賃金規定、雇用契約書・労働条件通知書などをみても不明である・よくわからないということであれば、法的には「営業手当の中には、時間外労働手当相当額を含む」という会社の主張はまかりとおらないことになると思います。
残業代を請求したいということであれば、一度当職に相談してみてはいかがでしょうか？

残業代の計算は、ドライバーの場合、業務日報、タコメーターなどから勤務時間を調査して計算します。手元に資料がない場合は、会社に資料の開示を請求します。
相談内容を読む限り、多額の残業代が発生しているものと思われます。