全国の相談に対応できるハラスメントに強い営業時間中な弁護士一覧

大変な状況ですね。
年次有給休暇の日数は法律上決められており、また、時効は付与日から２年です。
仮に、雇用主がこれに反した扱いをすると言っていても、そのような扱いは労働基準法に違反し、無効です。
年次有給休暇の取得、退職は労働者の一方的な意思表示ですることが可能です。
したがって、年次有給休暇の残日数を確認して、それを前提に退職日を決め、雇用主に対し、「〇月〇日をもって退職します。それまでの間は年次有給休暇を取得します。」と伝えれば、年次有給休暇を全て消化して退職することが可能です。これは書面やメール等、証拠に残るもので伝えたほうがよいでしょう。

退職理由を会社都合にしたいという点は、おそらく、失業保険の受給との関係でのご希望かと思います。
対応としては、雇用主に対して、「先生の言動が原因で辞めるのだから、離職票の離職理由は会社都合にしてほしい」と交渉をするということが考えられます。
雇用主が交渉に応じず、自己都合退職で離職票を発行した場合でも、ハローワークに異議申立てをすることは可能です。ただし、ここでは、ご自身が「特定受給資格者」や「特定理由離職者」に該当することを、証拠に基づいて説明することが必要になります。退職前に、勤務先を管轄するハローワークに一度ご相談に行かれておくとよいかと思います。

パワハラ被害について、もし可能であれば、まず会社の上司や人事部門、または労働組合に事情を相談しましょう。

罪を負わせるという点については、具体的にどのような処罰を望んでいるのかによりますが、一般的には、パワハラをしているその人に対する刑事罰を求めることは難しい場合が多いです。他方で、労働基準監督署に申告する、会社に対してパワハラ対策を求める行動をとる、場合によっては個人そして会社に対して損害賠償を求める裁判を起こすなどの選択肢がありえます。

証拠の録音があるとのことですので、内容を説明できるように準備いただいて、弁護士等専門家に一度相談いただければと思います。

大変な状況ですね。ご体調はいかがでしょうか。
ご質問の点ですが、ご記載の事情を前提とすれば、経緯を素直に記載をするのが一番よいと思います。
要旨、
・データを持ち帰ったことは事実である。
・持ち帰った理由は、休職するにあたり、休職時に終わっていなかった仕事を終わらせるためであった。
・就業規則の内容を確認していなかったため、それが就業規則に違反するという認識はなかった。急なことで、仕事を終わらせなければならないということばかりを考えていた。ご迷惑をおかけし申し訳ない。
という内容を丁寧な表現で記載してはいかがでしょうか。
この書類は、提出前に、ご自身でもコピーをとって保管しておきましょう。
この書類でも、今後の対応でも、重要なのは、（会社側から圧力をかけられたとしても）事実に反することを事実だと認めることはしない、ということです。

パワハラ行為を立証するには証拠（録音データやメール等）が必要となります。
客観的な証拠が少ないと、損害賠償請求は認められにくいのが実情です。
損害賠償（慰謝料）を検討されるのであれば、まずは弁護士に相談した上で、
相手方のパワハラ行為を立証できるかどうかを確認する必要があります。

また、ご相談者はパワハラ行為により、鬱状態、適応障害に罹患されたとのことですので、
労災の認定が下りる可能性があります。所管の労働基準監督署にご相談されてもよいかもしれません。
労災が認められれば、パワハラ行為の立証もやり易くなります。

　具体的な職場環境が不明ですので、一般的な回答となりますが、パワーハラスメント（パワハラ）行為は、職場内の優位性を背景に、業務の適正な範囲を超えて、精神的・身体的苦痛を与える又は職場環境を悪化させる行為を言います。パワハラ行為を受けた場合、その精神的苦痛について、会社や相手方に対して損害賠償を求めることができます。
　もっとも、パワハラ行為を立証するには証拠が必要となります。客観的な証拠が少ないと、損害賠償請求は認められにくいのが実情です。慰謝料請求を検討されるのであれば、まずはお近くの弁護士に相談し、相手方のパワハラ行為を立証できるかどうかを確認する必要があります。
　また、パワハラ行為を立証できたとしても、慰謝料額として認められる金額は、それほど高額ではありません。弁護士費用も方が高くなるケースも多くありますので、その点も考慮する必要があります。

職場内のパワハラが原因で休職されているのであれば、労災に該当する可能性があります。ただ、労災の認定を受けるためには職場内のパワハラ行為を立証するする必要があり、立証する証拠等が乏しい場合はなかなか労災と認定されるのは難しいかもしれません。
また、パワハラ行為について、加害者及び会社を訴えることもできますが、上記同様、パワハラ行為を立証する必要があります。客観的な証拠等が少ないと、損害賠償請求は認められにくいのが実情です。
もし、労災の申請や損害賠償を検討されるのであれば、まずは相手方のパワハラ行為を立証できるかどうかを確認する必要があります。

退職することを明確に拒否しているにもかかわらず執拗に退職勧奨があれば、違法な退職勧奨に該当する可能性が高いと思います。